목재 스테인 작업을 하는데에 있어 목재에 공극이 많이 있는 부분에는 더 많은 스테인이 흡수되게 된다. 따라서 이부분은 다른 부분에 비해 색상이 진해지게 된다. 이런 현상을 방지하기 위해서는 작업부분에 샌딩실러나 하도재를 바른 후 샌딩을 하면 어느 정도 해결이 된다. 목재 스테인은 스프레이, 롤러나 flowcoating(스테인이 목재위에 흐르면서 칠해지게 하는 방법)과 같은 선형의 작업방식이 매우 효율적이다. 하지만 침지법이나 붓 또는 스폰지를 이용한 방법도 가능하다. 하지만 처리방법에 따라 결과는 매우 달라지면 이는 도장품질에도 많은 영향을 준다. 스테인의 특성과 도장의 목적 등 다양한 요소에 따라 작업방법을 결정하는 것이 좋다.